ويضم عدد من الشعب وهي
- شعبة متابعة البريد تختص ببريد السيد المحافظ ومكتب رئيس مهندسي الهيئة ومعاونيه .
- شعبة الصرف وتختص بتنظيم مستندات الصرف ومستندات القيد وتحرير الصكوك لأصحاب العلاقة مع حفظ الأوليات .
- شعبة المعلومات المالية تختص بعمل الكشوفات الخاصة بالمشاريع والتي ترفع الى وزارة المالية .
- شعبة الرواتب تنظيم رواتب العاملين في الهيئة .
- مراقبة العقود الحكومية وتختص بمليء السجلات الخاصة بكافة المشاريع .
- الصندوق إيداع المبالغ كافة من اطفائات السلف وصكوك دخول المناقصات وتنظيم مستندات القيد .
- الاضابير حفظ كافة الأوليات المشاريع في الهيئة مع متابعة بعض الكتب وصحة صدورها وفق للتعليمات.
- السجلات وهي التي تختص بكافة أمور الصرف مع تنظيم ميزان سنوي وشهري وترحيل كافة مستندات الصرف والقيد في السجل العامة واعداد ميزان المراجعة الشهري واعداد الحسابات الختامية للسنة المالية المنتهية وإعطاء إجابات لوزارة المالية حسب العائدية والاختصاص .
- شعبة تنفيذ الأمانة وهي لحفظ كافة المشاريع الخاصة بذلك مع متابعة إطفاء السلف واعداد الإجابات الخاصة بهم وأرسالها الى الشعبة القانونية .
- المخزن يختص بكتابة سند الادخال المخزني وسند الإخراج لكافة المشتريات والصرفيات الخاصة بهيئة الاعمار وترحيل ذلك ضمن سجل محاسبة 13 وكذلك ترحيل كافة الاعمال إلكترونيا وتنظيم مستند القيد المتقابل لكل سنة مالية منتهية .